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Une base secrète de scientifiques, de soldats et de civils située à des millions d'années-lumière de la Terre est brutalement attaquée par un puissant ennemi. Les survivants n'ont alors d'autre choix que de traverser la Porte des Etoiles grâce au 9ème chevron afin d'échapper à la destruction imminente de la planète. Leur voyage interstellaire les conduit sur Le Destiny, un vaisseau spatial unique créé par les Anciens mais dont les capacités à fournir de l'oxygène s'amenuisent rapidement. Coupés du monde, ils vont tout faire pour survivre et tenter de rejoindre la Terre, leur planète d'origine...